بعد وفاة الرسول محمد صلى الله عليه وسلم خرج العرب المسلمون من شبه الجزيرة العربية لنشر الإسلام في أنحاء العالم المعروف، وضربوا أروع الأمثلة في الفضائل والقدوة الحسنة.. وقد رحب المصريون بالمسلمين الذين خلصوهم من ظلم الرومان طيلة عقود طويلة من القهر والظلم..وبعد أن عجز البيزنطيون عن مقاومة الجيش الإسلامي تم عقد معاهدة في 641 م اشتهرت بـ"صلح الإسكندرية" تنتهي بعد حوالي سنة يتم خلالها جلاء الحامية البيزنطية عن الإسكندرية وألا يعود البيزنطيون للإسكندرية.. و دخل القائد عمرو بن العاص الإسكندرية في 642 وكتب إلى الخليفة عمر بن الخطاب يصف له المدينة التي كان بها وقت دخوله إليها " 4000 قصر و4000 حمام عام و 12000 مزارع و 40000 يهودي و400 مسرح" و لكن بعد مدة قصيرة من السيطرة على المدينة قام البيزنطيين بهجوم مضاد ليستعيدوا المدينة من جديد إلا أن عمرو بن العاص استطاع هزيمتهم ودخل الإسكندرية مرة أخرى في صيف سنة 646 ورحب الأقباط في الإسكندرية بقيادة البطريرك بنيامين بالمسلمين ترحيباً بالغاً وبذلك فقدت الدولة البيزنطية أغنى ولاياتها إلى الأبد.
و قد تم تحويل العاصمة من الإسكندرية إلى الفسطاط حيث لم يرد الخليفة عمر بن الخطاب أن يفصله عن والى مصر بحر..هذا مما أفقد الإسكندرية الكثير من أهميتها ورغم أن ذلك لم يفقد العرب افتتانهم بالمدينة وذلك يتضح من خلال كتاباتهم العديدة عن وصف الإسكندرية ومنارتها وآثارها القديمة.. و بالطبع فقد استمرت حركة التجارة التي كانت الإسكندرية تلعب فيها دورا مهما وكذلك تم بناء سور جديد للمدينة..و قد وفد على الإسكندرية الكثير من العلماء من أمثال الإمام الشاطبى والحافظ السِّلَفي وابن خلدون وغيرهم الذين أثروا الحركة العلمية للمدينة.. ومن المعالم التي تركتها المرحلة الأولى للفتح ضريح وجامع أبى الدرداء-ذلك الصحابي- في منطقة العطارين والذي شارك في فتح مصر.. و قد تعرضت المدينة لعدة زلازل قوية (عام 956 ثم 1303 ثم 1323) أدت إلى تحطم منارتها الشهيرة (إحدى عجائب الدنيا السبع) حتى أن ابن بطوطة – الرحالة المعروف- عندما زار الإسكندرية في عام 1349 لم يستطع السير عند موقع المنارة من كثرة الحطام! كما تعرضت الإسكندرية لهجمات صليبية كان أخرها في أكتوبر [[1365]] م عانت فيها من أعمال قتل دون تمييز بين مسلم ومسيحي ونهب وضربت المساجد.. إلا أنه وفي عام 1480 قام السلطان المملوكي قايتباي ببناء حصن للمدينة لحمايتها في نفس موقع المنارة والمعروفة الآن بـ"قلعة قايتباي"حيث حظيت الإسكندرية في عهده بعناية كبيرة..و قد هيأت دولة المماليك وسائل الراحة لإقامة التجار الأوروبيين في مينائي الإسكندرية ودمياط فبنيت الفنادق ووضعتها تحت تصرف التجار، حتى يعيش التجار الأوروبيين وفق النمط الذي اعتادوه في بلادهم وكانت الفنادق مبان كبيرة مكونة من عدة طوابق وبها فناء داخلي يجرى به عمليات فك البضائع وربطها.. و بعد بناء القاهرة في سنة 969 م ثم اكتشاف طريق رأس الرجاء الصالح في عام 1498 م وكذلك بعد جفاف فرع النيل والقناة التي كانت تمد الإسكندرية بالمياه العذبة، فقدت الإسكندرية الكثير من أهميتها.. إلا أنها كانت ما تزال الميناء الرسمي المصري والتي كان يرسو عندها أغلب الزائرين الأوروبيين في العصر المملوكي والعثماني..و في نهاية القرن الثامن عشر الميلادي حينما سيطر المماليك على مصر في ظل الحكم العثماني، ظهر الفساد وزادت الضرائب على المصريين وكانت أوروبا قد بدأت تشهد تغيرات سياسية هامة بعد قيام الثورة الفرنسية وصعود نابليون بونابرت كزعيم سياسي..و جاءت الحملة الفرنسية على مصر ودخل جنود الحملة الفرنسية الإسكندرية في الأول من يوليو عام1798 بدون مقاومة تذكر..و رغم أن أفراد الحملة لم يكن لديهم لا الوقت ولا الرغبة في إعادة الحياة إلى الإسكندرية إلا أن تلك الحملة كانت بمثابة إنذار بـ"اليقظة" إلى كل المصريين! و سرعان ما التحمت القوات البريطانية مع الفرنسية في الإسكندرية في عام 1801 م في معركة أدت لخروج القوات الفرنسية من مصر..لتدخل الإسكندرية ومصر بصفة عامة مرحلة جديدة مليئة بالنهضة في جميع المجالات..
